Beide der Hochschulen bieten sowohl Bachelor- als auch Masterstudien an und für beide braucht man auch eine Reifeprüfung (Matura), Berufsreifeprüfung oder Studienberechtigungsprüfung. Jedoch gibt es einige Unterschiede.

An einer Fachhochschule lernt man den Beruf vor allem sehr praxisorientiert. Man kann also hautnah den zukünftigen Job kennenlernen und so Kontakte für das Berufsleben knüpfen. So ist außerdem ein duales Studium möglich.
Universitäten haben den Schwerpunkt auf Forschung und wissenschaftliches Arbeiten gelegt. Man erlernt einen Beruf hauptsächlich theoretisch. Daher kann man bestimmte Studiengänge auch nur an der Universität erlernen. Wie zum Beispiel Medizin oder Jus.

Die Fachhochschule vergibt nur eine begrenzte Anzahl an Studienplätzen, welche meistens durch Aufnahmetests und Bewerbungsgesprächen beschlossen werden.
An öffentlichen Universitäten gibt es keine Aufnahmetestplicht, nur bei besonders beliebten Studien, wie Jus, Medizin oder Psychologie. Jedoch gibt es in fast jedem Studiengang eine Studieneingangs- und Orientierungsphase, welche im ersten Semester erledigt werden muss, um das Studium fortzusetzten.

Dafür ist das Studieren an einer öffentlichen Universität weit billiger, da nur der ÖH – Beitrag (österreichischer Hochschülerinnen- und Hochschülerschaft Beitrag) gezahlt werden muss. Im Gegensatz muss man an der FH Studiengebühren plus den ÖH – Beitrag pro Semester bezahlen.

Der mit Abstand größte Unterschied ist der Studienablauf. Fachhochschulen haben einen bestimmten Aufbau. Es gibt fixe Stundenpläne mit Anwesenheitspflicht.
An einer Uni gibt es einen flexiblen Plan. Jeder kann seinen eigenen Stundenplan zusammenstellen. Es herrscht auch keine Anwesenheitspflicht. Jedoch kommt es an einer Universität aufgrund der Überschneidungen und überfüllten Vorlesungen zu Verzögerungen beim Abschluss.

Das Wichtigste bei dieser Entscheidung sind die Präferenzen. Lernt man lieber praktisch oder theoretisch, hätte man lieber einen flexiblen oder strukturierten Plan und kann man sich gut selbst organisieren. So findet jeder die passende Hochschule.